あまり引っかかる箇所がなかったので記述するまでもないですが、でもまあ一応書いておきます。
1.マウントとcd
CD-ROMなら適当なディレクトリにマウントして、ここに移動あげます。インストールデータのディレクトリを保存してある場合は(特にマウントなどせず)直に移動します。
2.インストール実行
sh setupatok.sh
3.諸設定
sh /opt/atokx3/sample/setting_redhat5.sh
4.ログインし直す
ターミナルでも端末でも一度落として再ログインすれば使えるようになっています。